Яндекс.Директ как контекстная реклама с оплатой за клик начала действовать в ноябре 2003 года. До этого система работала с оплатой за показы. Все объявления показываются только в поисковой выдаче Яндекса, поэтому можно сказать, что посетители с данной системы контекстной рекламы будут наиболее заинтересованы в Вашей продукции.

Эта система даёт только основные необходимые возможности, но зато предоставляет сервис по анализу ключевых слов, их подбору и советам по расширению.

Например, опция «подобрать слова» при вводе в нужной форме придуманного слова, покажет Вам дополнительно два столбца. В одном из них будут показаны запросы пользователей, применяемых данное словосочетание, и приблизительное число запросов в месяц, что позволит определить сферу интересов отдельных пользователей и, если она значительно шире, чем необходимая, ограничить аудиторию. Это можно сделать либо добавив в словосочетание ещё одно два слова, либо добавив так называемые, стоп-слова, то есть, если такое стоп-слово встречается в запросе, то Ваше объявление показываться не будет. Во втором столбце система покажет Вам запросы, которые ассоциируются с Вашими ключевыми словами, но не включают их.

На страницах результатов поиска одновременно осуществляется показ от одного до пяти объявлений Директа.

Объявления на первых четырёх позициях показываются «статически», то есть определенному месту всегда соответствует одно определенное объявление. Отбор объявлений для этого показа зависит от отношения числа показов к числу кликов по данному объявлению и от заявленной цены на клик. Таким образом, первые четыре объявления, имеющие наилучшие показатели, гарантированно показываются на первых четырёх позициях и располагаются в порядке убывания цены за клик.

Показ объявлений на пятой позиции осуществляется «динамически», то есть, все объявления по этим ключевым словам показываются по очереди, и чем больше таких объявлений, тем ниже вероятность их показа. Объявления, не отобранные в гарантированные показы, не обязательно показываются на первой странице и могут быть вытеснены с нее на последующие предложениями Яндекс.Маркета.

Также в процессе работы Ваше объявление прекращает показываться по тем ключевым словам, отношение числа кликов по которому к числу его показов ниже 0.5%. Это позволяет ограничить нецелевой показ объявления и не снижать общую привлекательность объявления при отборе его на первые четыре позиции. Также Яндекс.Директ автоматически предлагает установить цену за клик такой, чтобы Ваше объявление попадало в гарантированные показы, но не всегда стоит сразу же делать это, возможно проблема в очень низкой отдаче Вашего объявления и стоит не повышать цену клика, а улучшить текст.